http://blog.csdn.net/leyangjun/article/details/49721351

为什么 MyISAM 会比Innodb的查询速度快?
INNODB在做SELECT的时候，要维护的东西比MYISAM引擎多很多:
 1）数据块，INNODB要缓存，MYISAM只缓存索引块，  这中间还有换进换出的减少；
 
2）innodb寻址要映射到块，再到行，MYISAM记录的直接是文件的OFFSET，定位比INNODB要快

 3）INNODB还需要维护MVCC一致；虽然你的场景没有，但他还是需要去检查和维护
MVCC (Multi-Version Concurrency Control)多版本并发控制 

注释：
InnoDB：通过为每一行记录添加两个额外的隐藏的值来实现MVCC，这两个值一个记录这行数据何时被创建，另外一个记录这行数据何时过期（或者被删除）。但是InnoDB并不存储这些事件发生时的实际时间，相反它只存储这些事件发生时的系统版本号。这是一个随着事务的创建而不断增长的数字。每个事务在事务开始时会记录它自己的系统版本号。每个查询必须去检查每行数据的版本号与事务的版本号是否相同。让我们来看看当隔离级别是REPEATABLEREAD时这种策略是如何应用到特定的操作的：
　　SELECT InnoDB必须每行数据来保证它符合两个条件：
　　1、InnoDB必须找到一个行的版本，它至少要和事务的版本一样老(也即它的版本号不大于事务的版本号)。这保证了不管是事务开始之前，或者事务创建时，或者修改了这行数据的时候，这行数据是存在的。
　　2、这行数据的删除版本必须是未定义的或者比事务版本要大。这可以保证在事务开始之前这行数据没有被删除