多来几个循环，思路清晰一些，模块化设计。 
#include <stdio.h>

int main(void)
{
    int n, m, i ,j;
    scanf("%d %d", &n,&m);
    int arr1[n][m], arr2[n][m];

    for(i = 0;i < n; i++)
    {
        for(j = 0; j < m;j++)
          scanf("%d", &arr1[i][j]);
    }
    for(i = 0;i < n; i++)
    {
        for(j = 0; j < m;j++)
          scanf("%d", &arr2[i][j]);
    }
    int count = 0;
    for(i = 0;i < n; i++)
    {
        for(j = 0; j < m;j++)
          {
              if(arr1[i][j] == arr2[i][j])
                 count++;
                
          }
    }
    if(count == n * m)
      printf("Yes\n");
    else
      printf("No\n");

    return 0;    
}