PAF
PAF（Pairwise mApping Format）是一种用于存储序列比对结果的文件格式，文本文件，每一行代表一条记录。一行必需12个字段，由\t分割，分别为：
Query sequence name；
Query sequence length；
Query Start，匹配上query的起始位置；
Query End，匹配上query的结束位置；
正负链，"+" or “-”；
Target sequence name，参考序列的名称；
Target sequence length，参考序列长度；
Target Start，匹配上参考序列的起始位置；
Target End，匹配上参考序列的结束位置；
Number of residue matches，真正比对上的碱基数量；
Alignment block length，碱基总数，包括match, mismatch, insertion和deletion；
Mapping quality，序列质量，0-255，越大表示越好，但255表示没有匹配上；
若没有比对上，往往也有记录，只是第3-11个字段的匹配信息均为*。这12个字段之后有可能还有类似SAM的自定义tag字段，如ch:i:12。具体如：3fbcc430-7501-4f61-84d5-d2242801f6c7 95 39 95 + Escherichia-coli-MG1655.fasta 4641652 234646 234707 40 62 255 ch:i:12。
参考资料：
https://github.com/lh3/miniasm/blob/master/PAF.md
PAF（Pairwise mApping Format）是一种用于存储序列比对结果的文件格式，文本文件，每一行代表一条记录。一行必需12个字段，由\t分割，分别为：
Query sequence name；
Query sequence length；
Query Start，匹配上query的起始位置；
Query End，匹配上query的结束位置；
正负链，"+" or “-”；
Target sequence name，参考序列的名称；
Target sequence length，参考序列长度；
Target Start，匹配上参考序列的起始位置；
Target End，匹配上参考序列的结束位置；
Number of residue matches，真正比对上的碱基数量；
Alignment block length，碱基总数，包括match, mismatch, insertion和deletion；
Mapping quality，序列质量，0-255，越大表示越好，但255表示没有匹配上；
若没有比对上，往往也有记录，只是第3-11个字段的匹配信息均为*。这12个字段之后有可能还有类似SAM的自定义tag字段，如ch:i:12。具体如：3fbcc430-7501-4f61-84d5-d2242801f6c7 95 39 95 + Escherichia-coli-MG1655.fasta 4641652 234646 234707 40 62 255 ch:i:12。
参考资料：
https://github.com/lh3/miniasm/blob/master/PAF.md
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