二进制杯莫停

NextFlow

Django(17) linux(6) Python(27) 技巧总结(3) 数据库SQL(8) 机器学习(5) 概率论与数理统计(3) 算法(3) 职场学习(1) 规则引擎(1) 面试经历(2)

/ 注册

全部文章 / NextFlow （共8篇）

NextFlow-执行者（Executors）

1 执行者在Nextflow框架体系结构中，执行程序是确定运行管道进程并监督其执行的系统的组件。所述执行器提供了流水线过程和底层执行系统之间的抽象。这使您可以独立于实际的处理平台编写管道功能逻辑。换句话说，只需更改Nextflow配置文件中的执行程序定义，您就可以编写管道脚本一次，并使其...

2020-02-07

0 538

NextFlow-操作者（operator）

Nextflow 运算符是使您可以使用一些用户提供的规则将通道彼此连接或转换通道发出的值的方法。运算符可以分为七个组：过滤算子变换算子分裂算子组合算子分叉算子数***算符其他操作员 1 过滤算子（运算符）给定一个通道，过滤运算符允许您仅选择...

2020-02-07

0 577

NextFlow-通道

1 通道 Nextflow基于数据流编程模型，其中流程通过通道进行通信。通道具有两个主要属性：发送消息是一个异步操作，无需等待接收过程即可立即完成。接收数据是一项阻塞操作，它将停止接收过程，直到消息到达为止。 2 通道类型 Nextflow区分两种不同的通道：队列通道和值通道。 ...

2020-02-07

0 507

NextFlow-进程（二）:输出

1 输出输出声明块允许定义所使用的过程中发出所产生的结果的通道（Channels）。最多可以定义一个输出块，并且可以包含一个或多个输出声明。输出块遵循以下语法： output: <output qualifier> <output name> [into <...

2020-02-06

0 1104

NextFlow-进程（一）：输入

在Nextflow中，进程是执行用户脚本的基本处理原语。进程定义以关键字开头process，其后是进程名称，最后是由括号括起来的进程主体。进程主体必须包含一个表示命令的字符串，或更一般地，该字符串代表由该命令执行的脚本。基本过程如下例所示： process sayHello { &...

2020-02-06

0 1216

NextFlow-脚本

Nextflow脚本语言是Groovy编程语言的扩展。Groovy是Java虚拟机的强大编程语言。Nextflow语法已专门用于以声明性方式简化计算流水线的编写。 Nextflow可以执行任何Groovy代码或对JVM平台使用任何库。有关Groovy编程语言的详细说明，请参考以下链接： ...

2020-02-06

0 847

NextFlow-基本概念

1 基本概念 Nextflow是一个反应式工作流框架和一个编程DSL ，可简化数据密集型计算管道的编写。它是基于Linux平台是数据科学的通用语言这一思想而设计的。Linux提供了许多简单但功能强大的命令行和脚本工具，将它们链接在一起时，便可以简化复杂的数据操作。 Nextflow扩展了这种...

2020-02-06

0 1065

CentOS6下配置NextFlow环境

1 简介 Nextflow是由Barcelona Center for Genomic Regulation (CRG)的比较生物信息学小组研发的，在2014年开源，基于GPL3软件许可发布，在github上可以下载到源代码。由于其敏捷、灵活、兼容性强等特点，迅速成为生物信息学研究领域内广受欢迎的...

2020-02-05

1 1091